L'analyse rationnelle des interactions moléculaires au niveau de la cellule vivante n'est plus concevable sans l'apport des outils de modélisation moléculaire. Ces méthodologies sont en essence d'algorithmes développés et calibrés afin de pouvoir offrir, sur la base exclusive de l'information contenue dans la représentation de la structure, des prédictions approximatives, mais utiles, des propriétés attendues d'un composé chimique. Le succès d'une telle démarche permettra une réduction sensible de l'effort dédié à la recherche d'une molécule avec des propriétés idéales pour l'application envisagée (comme par exemple un médicament, un ligand nécessaire à la compréhension du mécanisme de fonctionnement d'un récepteur, au blocage d'une voie de signalisation cellulaire, etc...).
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